SIMULASI DINAMIKA MOLEKULAR SENYAWA -2,6-DIMETHYL-4-(2-METHYL-2,3-DIHYDROBENZO[B][1,4]THIAZEPIN-4-YL)PHENOL PADA PROTEIN 4N00 SEBAGAI KANDIDAT SISTEM SARAF PUSAT MENGGUNAKAN APLIKASI GROMACS

Tita Karyawati

Abstract


Sistem saraf pusat adalah sistem tubuh yang menerima dan memproses semua informasi dari seluruh bagian tubuh. Sistem saraf pusat dapat ditekan seluruhnya oleh penekan saraf pusat yang tidak spesifik misalnya hipnotik sedatif. Benzothiazepine bekerja langsung pada sistem saraf pusat dan memengaruhi dalam proses pengiriman sinyal di otak. Obat benzothiazepine inilah yang kemudian bekerja dengan cara meningkatkan respon sel saraf yang bertugas untuk memberikan sinyal „tenang‟ ke sel-sel saraf lainnya. Gromacs merupakan salah satu aplikasi yang dapat melakukan simulasi dinamika molekuler berdasarkan persamaan hukum newton. Pada penelitian ini dilakukan studi simulasi dinamika molecular dari senyawa -2,6-dimethyl-4-(2-methyl-2,3-dihydrobenzo[b][1,4]thiazepin-4-yl)phenol sebagai penekan sistem saraf pusat. Kode reseptor yang digunakan adalah 4N00 yang di download dari situs protein data bank (PDB). Tujuan penelitian ini adalah untuk memperoleh gambaran dinamika molekul dari senyawa -2,6-dimethyl-4-(2-methyl-2,3-dihydrobenzo[b][1,4]thiazepin-4-yl)phenol dengan protein 4N00 melalui simulasi dinamika molekuler yang di lakukan dengan aplikasi gromacs. Hasil RMSD menunjukan nilai x,y yang di dapat dari grafik RMSD adalah (0,140441 ; 0,148179). Dengan asam amino Val yang didapat.

 

Kata kunci : Sistem Saraf Pusat, Benzothiazepin, Dinamika Molekular, Aplikasi Gromacs


Full Text:

PDF (Indonesian)

References


Allen, Michael P. Introduction to Molekuler Dynamics Simulastion. John Von Neuman Institute for computing.2004.vol23

Becker, O.M., MacKerrel, A.D., Roux, B., Watanabe, M. (2001). Computational Biochemistry and Biophysics. Marcel Dekker Inc., New York.

Ganiswara.S.G. 1995.“Farmakologi dan Terapi”

Fakultas kedokteran UI. Jakarta.

Karplus, M., & Kuriyan, J. (2005). Mollecular Dynamics and Protein Function. PNAS. 6679-6685.

Ruswanto, Siswandono, Richa M, Tita N dan Tresna L., 2017, Molecular Docking of 1-Benzoyl-3-Methylthiourea as Anti Cancer Candidate and Its Absorption, Distribution, and Toxicity Prediction, J. Pharm. Sci & Res., Vol. 9(5), pp. 680-684.

Ruswanto, Mardhiaha, Mardianingrum, R., and Novitriani, K., 2015. Sintesis dan Studi In Silico Senyawa 3-Nitro-N'-[(Pyridin-4-Yl) Carbonyl] Benzohydrazide sebagai Kandidat Antituberkulosis, Chimica et Natura Acta 3(2), 54-61.

Ruswanto, Taufik H. (2013). Desain dan pemodelan molekul turunan 1,3-dibenzoil tiourea sebagai inhibitor chk1 secara in silico. Jurnal Kesehatan Bakti Tunas Husada. 9, 14-21.

Ruswanto, R., Nofianti, T., Mardianingrum, R., and Lestari, T. , 2018, Desain dan Studi In Silico Senyawa Turunan Kuwanon-H sebagai Kandidat Obat Anti-HIV, . J. Kim. Val. 4, 57–66.

Ruswanto, Mardianingrum, R., Nofianti, T., and Rahayuningsih, N. , 2017, Synthesis and Molecular Docking of Isonicotinohydrazide Derivatives as Anti-tuberculosis Candidates, Malaysian Journal of Fundamental and Applied Sciences, Vol. 15(3): 367-371, DOI: https://doi.org/10.11113/mjfas.v15n3.1030.

Siswandono dan Soekarjo, B., 2006, Kimia Medisinal, jilid II, Airlangga University Press, Surabaya, hal 346-353.

Spoel, D V, Erik, L., Berk, H., Gerrit, G., Alan, E. M., & Herman, J. C. (2005). Gromacs: Fast, flexible, and free. J, Comput, Chem., 26(16).

Supercomputing Centre, L. (2009, December 10). GROMACS; A molecular dynamics package. Diunduh tanggal 25 Januari 2010 pukyl 20.23 dari

Leibniz Rechenzentrum : http;/www.lrz-muenchen.de/services/software/chemie/gromacs/ind ex.html.

Tjay dan Rahardja, 2002, Obat-obat Penting, Khasiat, Pengunaaan dan Efek Sampingnya, Edisi V, PT Elex Media Komputindo Kelompok Gramedia, Jakarta


DB Error: Table './ejurnal_ejour98jhd/referrals' is marked as crashed and should be repaired